Van Meir était présent lors de quatre phases finales, où il n'a malheureusement joué que quelques matches. Il a effectué ses débuts le 6 octobre 1993 sous Paul Van Himst à l’occasion d'un match amical contre le Gabon. L'année suivante, il est sélectionné pour la Coupe du Monde aux États-Unis, mais il n’y quittera pas le banc de touche. En tant que défenseur central, il devait en effet faire face à une concurrence féroce, notamment de la part de Philippe Albert, Michel De Wolf, Georges Grün et Lorenzo Staelens. Van Meir était pourtant un défenseur central qui marquait souvent. Au Lierse, il a même été trois fois sacré meilleur buteur du club. Il faisait aussi partie de la sélection pour l’EURO 2000 et la Coupe du Monde 1998 et 2002.