Durant de nombreuses années, il était le premier choix au poste d’arrière droit en équipe nationale, où il est sorti vainqueur de la solide concurrence exercée par des joueurs tels que Bertrand Crasson et Régis Genaux. Deflandre a régulièrement été le sauveur des Diables Rouges. Dégager un ballon sur la ligne de but était ainsi un peu devenu sa marque de fabrique. Un soir, il a même occupé le poste de gardien de but après l’exclusion de Filip De Wilde, ce au moment où tous les changements avaient déjà été effectués contre la Turquie à l’EURO 2000.
Il a disputé trois phases finales : l’EURO 2000 et la Coupe du Monde 1998 et 2002.