N’a que rarement déçu au poste de back gauche en équipe nationale, où il a rivalisé avec Vital Borkelmans, Didier Dheedene, Philippe Léonard et Peter Van Der Heyden. Van Kerckhoven a effectué ses débuts le 29 mai 1996 lors d'un match amical en Italie (2-2). Sa carrière en équipe nationale a été relativement courte, six ans à peine, en partie en raison de plusieurs blessures. Il a néanmoins participé à trois phases finales : l’EURO 2000 et les Coupes du Monde 1998 et 2002.