Ontgoochelde zelden als linksback bij de Rode Duivels waar hij de strijd aanging met Vital Borkelmans, Didier Dheedene, Philippe Léonard en Peter Van Der Heyden. Van Kerckhoven debuteerde op 29 mei 1996 met een 2-2 gelijkspel in een vriendschappelijke wedstrijd in Italië. Mede vanwege blessureleed was zijn internationale loopbaan vrij kort, ‘slechts’ zes jaar. Wel voldoende voor een deelname aan drie grote toernooien: Euro 2000 en de WK’s van 1998 en 2002.